بنیان‌گذاری جامعه مدرسین حوزه علمیه قم
در کنار این، جلسه دیگری هم راه افتاده که بنیان جامعه مدرسین امروز است. «ما جزو کسانی هستیم که در اولین نشست‌های جامعه مدرسین عضو بودیم، شرکت داشتیم. هم بنده بودم، هم به نظرم آقای هاشمی بود... آقایان [علی] مشکینی، ربانی‌شیرازی، [ناصر] مکارم و... یک عده مسن‌ترها هم شرکت می‌کردند.»[45]
این جلسه‌ها و تصمیماتی که در آن گرفته می‌شد، فضای حوزه علمیه قم را تغییر داد. پا به رکاب‌ها و دست‌اندرکاران این تصمیمات، کسانی غیر از اعضاء جلسه بودند؛ طلبه‌های جوان و علاقمند. این تحرکات فضای بسته و مغموم قم را باز کرد.
آیت‌الله خامنه‌ای در همین ایام مخفیانه به ترجمه و انتشار کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام کرد. در این کتاب به دو موضوع مهم فشار غرب و تبلیغات کمونیسم اشاره شده و دورنمایی از آینده که به سمت اسلام پیش می‌رود، آمده است[50] . ساواک کتاب را توقیف و افراد مرتبط با انتشار آن را دستگیر کرد اما موفق به دستگیری و بازداشت آیت‌الله خامنه‌ای (مترجم کتاب) نشد[51] . آیت‌الله خامنه‌ای در آن ایام مدتی در تهران و کرج به فعالیت مشغول بود. اما به علت ندادن تعهد بر عدم اظهار مطالب ضد رژیم از فعالیتش در کرج ممانعت به عمل آمد. در مسجد امیرالمؤمنین (ع) تهران هم مدتی به امامت جماعت پرداخت.

 سومین بازداشت
در پی دستگیری و تبعید آیت‌الله سید حسن قمی در فروردین 1346 که به دنبال سخنرانی ضد رژیم او در مسجد گوهرشاد صورت گرفت، آیت‌الله خامنه‌ای از آیت‌الله میلانی خواست به این اقدام اعتراض کند[52] . این اقدام وی سبب شد مأموران ساواک از حضور او در مشهد اطلاع یافته و در 14 فروردین همان سال، در مراسم تشییع جنازه‌ی آیت‌الله شیخ مجتبی قزوینی، وی را دستگیر کنند[53] . او در 26 تیر همان سال آزاد شد[54] . اندکی پس از آزادی، در تهران به ملاقات زندانیان سیاسی رفت. [55]
آیت‌الله خامنه‌ای از طریق ارتباط با مبارزین در نقاط مختلف، سعی در تشکل بخشیدن به مبارزین و مبارزه، تربیت نسل‌های جدید مبارزین و انقلابیون براساس اندیشه اسلامی خصوصاً بین طلاب علوم دینی و دانشجویان، سعی در اخذ مبانی مبارزه از قرآن و حدیث، مقابله با اندیشه‌های مادیگرایانه مارکسیستی و لیبرالیستی و امثال آن، به تعمیق اندیشه اسلامی و مبارزه در چهارچوب نهضت امام خمینی پرداخت و علیرغم مقابله رژیم پهلوی به موفقیت‌های زیادی دست یافت. نگاه چندبُعدی به مبارزه، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت امام خمینی و رسانه فراگیر منبر و عملگرایی‌اش، از برخی علل موفقیت ایشان بوده است.
در پی وقوع زمین‌لرزه‌ی ویرانگر جنوب خراسان در 9 شهریور 1347 عده‌ای از روحانیون خراسان به سرپرستی آیت‌الله خامنه‌ای با هدف امداد و سامان‌دهی کمکهای مردمی به زلزله‌زدگان، عازم فردوس شدند. این اقدام با مخالفت مقامات امنیتی محلی روبه‌رو شد اما گروه امداد اقدامات مؤثری در کمک‌رسانی به زلزله‌زدگان انجام داد. حضور و کمک‌رسانی دو ماهه‌ی آیت‌الله خامنه‌ای در فردوس فرصتی پدید آورد تا با مشکلات مردم زلزله‌زده از نزدیک آشنا شود و با آنان مأنوس گردد و در مجالس و منابر و همچنین هیئتهای مذهبی، پیام نهضت اسلامی را برای مردم آن سامان تبیین کند. این فعالیت‌ها حساسیت شهربانی و ساواک خراسان را برانگیخت و به اقامتش در فردوس پایان داده شد[56] . او در اواخر دی‌ماه همان سال به قصد زیارت عتبات عالیات و دیدار با امام خمینی (ره) اقدام کرد اما با مخالفت و ممانعت ساواک روبه‌رو شد. این محدودیت تا پیروزی انقلاب اسلامی ادامه داشت و وی ممنوع‌الخروج بود. [57]

 محکومیت به شش ماه حبس
آیت‌الله خامنه‌ای به اتهام عضویت در گروه یازده نفره به شش ماه زندان محکوم گردید. به دنبال انتشار این خبر در روزنامه‌ی کیهان و احضار آیت‌الله خامنه‌ای به دادگاه تجدید نظر، وی پس از مشورت با عده‌ای از علمای مشهد از حضور در دادگاه خودداری ورزید[58] . او با آنکه تحت پیگرد بود با برخی از روحانیون مبارز ازجمله سید محمود طالقانی، سید محمدرضا سعیدی، محمدجواد باهنر، محمدرضا مهدوی‌کنی، مرتضی مطهری، اکبر هاشمی رفسنجانی و فضلالله محلاتی در مشهد و تهران ارتباط داشت و به رغم اقامت در مشهد در بسیاری از جلسات علما و روحانیون مبارز تهران حضور می‌یافت[59] . او با تشکیل جلساتی با حضور عده‌ای از روحانیون درباره‌ی اعزام روحانیون و طلاب به روستاهای اطراف مشهد تصمیم‌گیری و اقدام میکرد[60] .
آیت‌الله خامنه‌ای با نگاه عقیدتی به نهضت اسلامی و پرورش فکری مردم برآن مبنا، مبارزات خود را ادامه داد. او با برگزاری جلسات تفسیر برای طلاب علوم دینی و دانشجویان و ایراد سخنرانی برای اقشار مختلف مردم می‌کوشید مبانی دینی ـ اعتقادی آنان را تقویت نماید. او معتقد بود تحقق آرمانهای اسلامی در بستری از کوششهای فرهنگی ممکن است و خیزشهای مردمی جز با گسترش آگاهی و دانایی محقق نخواهد شد. جریان روشنفکری جریان فعال و مبارز در دانشگاهها تلقی می‌شد. این رویکرد را در واکنش به فعالیتهای جریانهای سیاسی معتقد به تفکر مارکسیستی، ضروری می‌دانست. در این زمینه فعالیتهای علمی و جلساتی را با شرکت مبارزان و متفکران اسلامی در سال 1348 برگزار کرد[61] .

 سخنرانی‌ها در حسینیه ارشاد و مسجد الجواد تهران
آیت‌الله خامنه‌ای با بسیاری از روشنفکران و کانونهای روشنفکری مشهور در عرصه‌ی مبارزه نیز ارتباط و همکاری داشت. وی در سال 1348 به منظور تبیین مباحث تأثیرگذار در روند مبارزه به ایراد سخنرانیهایی در برخی مراکز فعال سیاسی ـ اسلامی در تهران از جمله حسینیه‌ی ارشاد و مسجد الجواد تهران دعوت شد[62] . سخنرانیهای وی در حسینیه‌ی ارشاد که در اواخر سال 1348 و به دنبال دعوت آیت‌الله مرتضی مطهری از وی صورت گرفت و نیز سخنرانی در مسجد الجواد تهران، به دعوت انجمن اسلامی مهندسین، تأثیر زیادی در روشنگری نسل جوان، به ویژه دانشجویان و دانش‌آموزان داشت[63] . آیت‌الله خامنه‌ای در بهار 1349 در جهت عمق بخشیدن به روند نهضت اسلامی و تقویت بن‌مایه‌های عقیدتی مبارزه با رژیم پهلوی، سلسله جلساتی را پایه‌گذاری کرد که در آن ایده‌ی مبارزاتی خود مبنی بر تدوین جهانبینی و ایدئولوژی اسلامی را با دعوت از افرادی چون مرتضی مطهری، سید محمود طالقانی، سید ابوالفضل زنجانی، مهدی بازرگان، اکبر هاشمی رفسنجانی، یدالله سحابی، عباس شیبانی و کاظم سامی به بحث و بررسی گذاشت. این سلسله‌جلسات به تدوین جهان‌بینی و ایدئولوژی اسلامی انجامید[64] .

 چهارمین بازداشت
با درگذشت آیت‌الله سید محسن حکیم در خرداد 1349 بحث مرجعیت که در گذشته پس از رحلت آیت‌الله بروجردی مطرح شده بود، به صورت جدی در جامعه مطرح گردید و در این میان آیت‌الله خامنه‌ای ضمن گرامی‌داشت مقام فقهی و علمی آیت‌الله حکیم و ارسال پیامهای تسلیت به برخی از علما، تلاش مضاعفی برای تحکیم مرجعیت امام خمینی به عنوان مرجع تقلید اعلم انجام داد. در همان ایام و به دنبال شهادت آیت‌الله سید محمدرضا سعیدی در 20 خرداد 1349 توسط ساواک که از مهم‌ترین مروجین امام خمینی در آن مقطع بود، تلاش کرد به همراه شمار دیگری از مبارزان ضمن هدایت واکنشهای مردمی در اعتراض به شهادت وی، از موقعیت پدید آمده به نفع مبارزه بهره ببرد. بر اثر جریان‌سازی وی در این برهه بود که عده‌ای از طلاب علوم دینی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در حمایت از امام خمینی و انتقاد از رژیم و ساواک اقدام کردند[65] . به دنبال آن و با گسترش دامنه‌ی اعتراضات و مبارزات [66] ساواک مشهد در 2 مهر 1349 دستگیر و مدتی در زندان لشکر خراسان ـ تنها زندان امنیتی مشهد ـ بازداشت کرد[67] . در محرم 1391/ اسفند 1349 با آنکه نام آیت‌الله خامنه‌ای در فهرست واعظان ممنوع‌المنبر ساواک قرار گرفته بود وی سخنرانیهایی در هیئت انصارالحسین تهران ایراد کرد[68] . آیت‌الله خامنه‌ای در سال 1350 به دعوت آیت‌الله طالقانی سخنرانی‌هایی در مسجد هدایت تهران، که کانون توجه دانشجویان و جوانان مبارز بود، ایراد کرد[69] .

 سه مرتبه بازداشت در سال 1350
در پی تحریم جشنهای 2500 ساله از سوی امام خمینی[70] ساواک مراقبتهای شدیدی نسبت به فعالیت روحانیون مبارز در پیش گرفت. بر این اساس وی در مرداد 1350 به ساواک مشهد احضار و مدتی در زندان لشکر خراسان بازداشت شد[71] . او پس از آزادی، فعالیتهای خود را ادامه داد و در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد؛ یکی در آبان 1350 که به بازداشت کوتاه‌مدت وی در زندان لشکر خراسان انجامید. دیگری در 21 آذر همان سال که به اتهام اقدام برضد امنیت داخلی به سه ماه حبس محکوم گردید[72] .

 ادامه جلسات درس در تهران، مشهد و نیشابور
وی پس از آزادی، فعالیتهای سیاسی ـ اجتماعی خود را گسترش داد و بارها در جلسات هیئت انصارالحسین و مسجد نارمک تهران حضور یافت و سخنرانیهایی در موضوعات دینی و سیاسی ایراد کرد. جلسات درس و تفسیر او در مدرسه‌ی میرزاجعفر و مسجد امام حسن (ع) و مسجد قبله و نیز در منزلش در مشهد ادامه داشت. مخاطب او در این جلسات دانش‌آموزان، دانشجویان، طلاب جوان و گروههایی از اقشار مختلف مردم بودند که وی آنان را با تفکر اسلام انقلابی و سیاسی آشنا می‌ساخت. عده زیادی از مخاطبان جلسات و شاگردان او بعدها در اوج مبارزات در نقاط مختلف کشور به آگاهی‌بخشی پرداختند. گزارشهای جلسات سخنرانی و درس او بارها از سوی مأموران امنیتی منعکس شده است. از نظر ساواک، افرادی چون آیت‌الله خامنه‌ای از مدرسان روشنفکر و انقلابی حوزه‌های علمیه تلقی می‌شدند که ضمن داشتن ارتباط با دانشجویان و جوانان، مروج اندیشه‌های مبارزاتی امام خمینی و خواستار آگاه ساختن طلاب علوم دینی به مسائل سیاسی و اجتماعی بودند[73] .
آیت‌الله خامنه‌ای در فروردین 1352 برای تبلیغ عازم نیشابور شد و در مساجد آن شهر سلسله‌جلسات درس اصول عقاید را، که هفته‌ای یک بار در روزهای سه‌شنبه برگزار می‌شد، دایر کرد[74] . در خرداد 1352 ساواک جلسات تفسیرش در مسجد امام حسن (ع) و منزلش را تعطیل کرد[75] . آیت‌الله خامنه‌ای در آذر 1352 محل اقامه‌ی نماز جماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یادشده را به کانون فعالیت دانشجویان و طلاب جوان تبدیل کرد[76] . ساواک مشهد در واکنش به فعالیتهای سیاسی گسترده‌ی او، او را از اقامه‌ی نماز جماعت در آن مسجد باز داشت[77] .

 زندان ششم؛ سخت‌ترین دوره حبس
در آبان 1353 به دعوت آیت‌الله محمد مفتح، امام جماعت مسجد جاوید تهران، که در آن ایام ممنوع‌المنبر شده بود، در آن مسجد به سخنرانی پرداخت. در پی آن ساواک به دستگیری آیت‌الله مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانونهای مهم مبارزه اقدام کرد[78] . به دنبال آن، منزل آیت‌الله خامنه‌ای هم در آذر ماه همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را، اظهارات وی در جلسه‌ای خصوصی درباره‌ی ضرورت ایجاد جمعیتی برای سامان‌دهی مبارزه و استفاده از فرصتها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام نمود[79] . در نهایت آیت‌الله خامنه‌ای در دی 1353 برای ششمین بار دستگیر و این بار به زندان کمیته‌ی مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل گردید[80] و به گفته خود دشوارترین و سخت‌ترین وضعیت‌ حبس خود را تجربه کرد.او در حبس، اجازه‌ی ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانواده‌اش نیز داده نشده بود[81] .

 فعالیت‌های منجر به تبعید
او در 2 شهریور 1354 از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت مأموران امنیتی بود و اقامه‌ی جماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در منزلش ممنوع شده بود[82] . اما او به‌رغم همه‌ی محدودیتهای سیاسی و امنیتی جلسات تفسیر و فعالیتها و اقدامات روشنگرانه‌ی انقلابی خود را به صورت مخفیانه پیگرفت و پرداخت شهریه‌ی امام خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد[83] . در اواخر سال 1354 مخفیانه کتاب طرح کلی اندیشه‌ی اسلامی در قرآن را با نام مستعار سیدعلی حسینی منتشر کرد. او در خرداد 1355، به دنبال وقوع سیل در قوچان، گروهی را تشکیل داد که از مشهد برای کمکرسانی به مردم سیل‌زده به آن شهر اعزام شده و با استقرار در مدرسه‌ی عوضیه‌ی آن شهر به امدادرسانی پرداختند[84] .
در اسناد ساواک گزارش‌هایی درباره‌ی فعالیتهای سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای و پدرش در اواخر سال 1355 در مشهد وجود دارد که به طرف‌داری از امام خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداخته‌اند. آیت‌الله خامنه‌ای در محرم 1396/دی 1355 سخنرانیهایی علیه رژیم ایراد کرد و ضمن برگزاری سلسله‌جلسات مباحثه درباره‌ی تبیین فضای فکری ـ فرهنگی، به‌ویژه برای دانشجویان و جوانان[85] و نیز حضور در جلسات علما و روحانیون تهران روند مبارزه را شدت بخشید[86] . از سوی دیگر، ساواک هم می‌کوشید برای به دست آوردن مستنداتی علیه او و مبارزان دیگر در آن جلسات نفوذ کند[87] . به دنبال درگذشت علی شریعتی در لندن در 29 خرداد 1356 آیت‌الله خامنه‌ای در بزرگداشت و مراسم ترحیم وی حضور داشت. این حضور او به دلیل آشنایی و ارتباط دیرینه‌اش با شریعتی و پدرش بود[88] .

 تبعید به ایرانشهر
به دنبال درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی در اول آبان 1356 در نجف اشرف، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه برخی از مبارزان مراسم ختمی در 6 آبان در مسجد ملاهاشم برپا کرد[89] . همان ایام به همراه عده‌ای از علمای مشهد تلگرام تسلیتی به امام خمینی در نجف مخابره کردند[90] . با درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحله‌ی نهایی خود شد و حرکتهای جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید.

رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیتها، به‌رغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سرکوب و خفقان فعالیتهای مبارزان را محدودتر کرد. به دنبال اجرای این سیاست، برخی از مبارزان سرشناس به تبعید محکوم شدند که آیت‌الله خامنه‌ای هم در زمره‌ی آنان بود. او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به سه سال تبعید در ایرانشهر محکوم گردید[91] و مأموران ساواک در 23 آذر 1356 به منزل او یورش برده و او را دستگیر و به ایرانشهر انتقال دادند. هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان و به دنبال آن، عدم توفیق وی در امر مبارزه و افشاگری علیه حکومت بود[92] . اما وی به علت تعامل با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردم ایرانشهر یافت و با بهره‌گیری از این فرصتها پیام انقلاب را به مردم دورترین نقاط کشور رساند[93] . سخنرانیهای او در مسجد آل‌رسول ایرانشهر و رفت و آمد علما و روحانیون مبارز، نیروهای انقلابی و اقشار مختلف مردم به منزل او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیتهای او را محدود سازند و از رفت و آمد مردم ممانعت به‌عمل آورند[94] .

او در 19 فروردین 1357 در پی کشتار مردم در یزد، در نامه‌ای به آیت‌الله محمد صدوقی این اقدام وحشیانه‌ی رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامه‌ی مبارزه، یاد شهدای آن حادثه را گرامی داشت[95] . این نامه به صورت اعلامیه در سراسر کشور پخش گردید[96] .

وقوع سیل در ایرانشهر در 11 تیر1357 موقعیتی فراهم آورد تا آیت‌الله خامنه‌ای با توجه به تجربیات پیشینش، مدیریت تنها گروه امدادی را عهده‌دار شود. وی با هماهنگی‌هایی که با روحانیون شهرهای مختلف از جمله یزد و مشهد داشت، توانست کمکهای مردمی را از اقصا نقاط ایران جذب و در بین سیل‌زده‌ها تقسیم کند[97] .

آیت‌الله خامنه‌ای در دوران تبعید ارتباط خود را با مبارزان و علمای تراز اول مبارزه در شهرهای ایران حفظ کرد و پیوسته مکاتباتی درباره‌ی نهضت اسلامی با آنان داشت و از این طریق در جریان بسیاری از حوادث و رخدادها قرار می‌گرفت و با نامه‌نگاریهای گوناگون در بسیاری از تصمیم‌گیریهای جمعی علما مشارکت می‌کرد.

 تبعید به جیرفت
با اوج‌گیری انقلاب اسلامی در آستانه‌ی ماه رمضان، 28 شعبان 1398/ 28 تیر1357، شماری از طلاب حوزه‌ی علمیه‌ی مشهد به ادامه‌ی تبعید آیت‌الله خامنه‌ای اعتراض و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند که به دخالت مأموران انتظامی انجامید[98] . گسترش فعالیتهای انقلابی و مردمی آیت‌الله خامنه‌ای در راستای جهت‌دهی و سامان‌دهی مبارزه در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف از یک سو، و محبوبیت و نفوذ روزافزون وی در میان اقشار مختلف مردم آن سامان از سوی دیگر، مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت که در مقایسه با ایرانشهر دورافتاده و دارای محدودیت‌های بیشتری بود، تغییر دهند. لذا وی در 22 مرداد به جیرفت انتقال یافت[99] .

مبارزات سیاسی آیت‌الله خامنه‌ای در جیرفت هم متوقف نماند و او از همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری علیه حکومت پهلوی پرداخت. یکی از سخنرانیها، که در 15 شهریور 1357 صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی توسط مردم منجر شد[100] . این اتفاق زمانی روی داد که هنوز تظاهرات و راهپیمایی در شهرهای کوچک معمول نشده بود. او در شمار روحانیون تبعیدی‌ای بود که در نامه‌ای به آیت‌الله سیدعبدالحسین دستغیب، ضمن تشریح حوادث کشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم راهکارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حکومت پهلوی ارائه دادند[101] . وی در این دوره، مخفیانه عازم کهنوج شده، سخنرانیهای افشاگرانه‌ای ایراد کرد[102] .

 بازگشت به مشهد
با گسترش مبارزات مردمی و ازهم‌گسیختگی ارکان رژیم و ناتوانی آن در مهار روند انقلاب، آیت‌الله خامنه‌ای در اول مهر 1357 از جیرفت به مشهد مراجعت کرد و در آنجا فعالیت‌های خود را در امر سامان‌دهی امور انقلاب و تشدید روند مبارزه و پیگیری مسائل گوناگون نهضت ادامه داد[103] . در ایام اقامت امام خمینی در فرانسه، با ارسال تلگرامی به همراه برخی از روحانیون مبارز مشهد، اقامت موقت امام در فرانسه را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم و قاطعیت در دل مردم و نشانی از عزم و اراده‌ی راسخ امام در راه نجات امت مسلمان ایران عنوان کرده و از ایشان تقاضا کردند دستورات لازم را برای ادامه‌ی مبارزه صادر کند. در پایان نیز خواستار بازگشت امام خمینی به ایران شدند[104] .

فعالیتهای مبارزاتی آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد در مدت اندکی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازمان‌دهی حرکتها و تظاهرات مردمی، سخنرانیهای افشاگرانه‌ای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد کرد[105] . در عین ‌حال با بیت امام و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دائم بود. پیرو همین ارتباط بود که سید احمد خمینی در 10 آبان 1357 از پاریس با آیت‌الله صدوقی تماس گرفت و تمایل امام خمینی برای ملاقات با وی و آیت‌الله خامنه‌ای را اعلام کرد[106] . آیت‌الله خامنه‌ای در شمار روحانیونی بود که با سخنرانی در ورزشگاه سعدآباد مشهد در اجتماع بزرگ فرهنگیان آن شهر خواستار بازگشت امام خمینی و تشکیل حکومت اسلامی شد[107] . او در آخرین روزهای آبان همراه با سیدعبدالکریم هاشمی‌نژاد با عزیمت به شهرستانهای قوچان، شیروان و بجنورد و برپایی جلسات سخنرانی به تقویت جریان انقلاب در آن شهرها همت گماشت. فعالیتهای روزافزون و تأثیرگذار آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد، مقامات امنیتی رژیم پهلوی را بر آن داشت که ایشان را دستگیر نمایند. در گزارشهای ساواک از آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان یکی از پرچمداران برجسته‌ی انقلاب در خراسان نام برده شده است[108] .

 سخنرانی عاشورای 57 در حرم امام رضا
وی در 19 و 20 آذر 1357 هم‌زمان با تاسوعا و عاشورای حسینی سخنرانی پرشوری در اجتماع بزرگ راه‌پیمایان مشهد ایراد کرد و خطبه‌ی شب عاشورا را در حرم مطهر امام‌رضا (ع) به نام امام خمینی خواند و با این اقدام انقلابی تابوی سنتی حکومت پهلوی را که تا پیش از آن، مراسم مذکور را به صورت تشریفاتی و با دعا برای محمدرضا پهلوی اجرا می‌کرد، در هم شکست[109] . همچنین او در روز عاشورا تظاهرات عظیم مردم مشهد را سامان‌دهی کرد و در اجتماع بزرگ آنان به سخنرانی پرداخت[110] . وی در شمار روحانیونی بود که در 24 آذر در اعتراض به حمله‌ی مأمورین رژیم پهلوی به بیمارستان شاهرضای مشهد (امام رضا (ع) کنونی) برنامه‌ی تحصن در بیمارستان مزبور را مطرح کرد[111] . در مسیر حرکت آنان برای تحصن بسیاری از مردم نیز به آنان پیوستند و در شمار متحصنین قرار گرفتند[112] . متحصنین با صدور اعلامیه‌ای ضمن تشریح جنایات عوامل حکومت پهلوی، مجازات آنان را خواستار شدند[113] و بر سرنگونی حکومت پهلوی و بازگشت امام خمینی تأکید کردند. این اقدام آنان بازتاب گستردهای یافت و اعلامیه‌های متعددی در همبستگی و حمایت از آنها در سراسر ایران منتشر شد[114] .

 تظاهرات 9 دی 57 مشهد
آیت‌الله خامنه‌ای در 9 دی 1357 به همراه عده‌ای از علمای مبارز مشهد پیشاپیش جمعیت انبوهی از مردم به منظور همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان با جریان انقلاب به سوی ساختمان استانداری حرکت کردند. اما علیرغم تلاشهای مسالمت‌آمیز آنها نیروهای انتظامی مستقر در استانداری به سوی مردم آتش گشودند. به دنبال آن جمعیت تظاهرکننده به خیابانها ریخته و برخی ساختمانها و مراکز دولتی را به آتش کشیدند. شب حادثه، علمای مشهد از جمله آیت‌الله خامنه‌ای با تشکیل جلسه‌ای کوشیدند مانع درگیری و کشتار بیشتر مردم در روز بعد بشوند، ولی عوامل رژیم پهلوی با قتل‌عام مردم تظاهرکننده فاجعه‌ی یکشنبه‌ی خونین 10 دی 1357 را به بار آوردند[115] . به دنبال وقوع این حوادث، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه عده‌ای از روحانیون مبارز مشهد در محکومیت این حادثه و تداوم نهضت اعلامیه‌ای صادر کردند[116] .

 عضویت در شورای انقلاب
با شتاب گرفتن روند فروپاشی حکومت پهلوی و نمایان شدن نشانه‌های پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام خمینی در 22 دی 1357 فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند[117] . آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی امام به عضویت آن شورا انتخاب شده بودند با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک و در اواخر دی 1357 به تهران آمد و در مدرسه‌ی رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، به‌ویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله‌ی نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامه‌ریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت[118] . پس از تشکیل کمیته‌ی استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی[119] مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات آن را عهده‌دار شد.

 تحصن در مسجد دانشگاه تهران
به دنبال بسته شدن فرودگاههای کشور به دستور بختیار و ممانعت از بازگشت امام خمینی به ایران، آیت‌الله خامنه‌ای به همراه آیت‌الله بهشتی و چند تن از روحانیون مبارز سرشناس در اعتراض به این اقدام دولت، در مسجد دانشگاه تهران تحصن عظیمی را سامان‌دهی کردند که با پیوستن سایر علما، دانشگاهیان و مردم ابعاد وسیعی به خود گرفت[120].

شب قبل از آغاز تحصن، آیت‌الله بهشتی در بهشت‌زهرا سخنرانی کرد و آیت‌الله خامنه‌ای قطعنامه‌ای را که خود تهیه کرده بود برای مردم قرائت نمود و با این برنامه تحصن روز بعد در مسجد دانشگاه تهران قطعیت یافت. آیت‌الله خامنه‌ای در طول تحصن با تشکیل ستادی و با مشارکت برخی از مبارزین متحصن به اقداماتی دست زدند که عمده‌ترین آنها انجام سخنرانی، انتشار اعلامیه و انتشار نشریه‌ای به نام «تحصن» بود[121] . متحصنان در روز هشتم بهمن با صدور اعلامیه‌ای تأکید کردند تا باز شدن فرودگاهها به روی امام خمینی به تحصن خود ادامه خواهند داد[122] . این تحصن که تا صبح روز 12 بهمن ادامه یافت[123] ، مسجد دانشگاه تهران را به کانونی تأثیرگذار در روند مبارزه تبدیل کرد.

در لحظه‌ی تاریخی ورود امام خمینی به میهن در 12 بهمن 1357 آیت‌الله خامنه‌ای، به همراه علما، روحانیون و مبارزان اسلامی برای استقبال از امام خمینی در فرودگاه مهرآباد حضور یافت. در طول دهه‌ی فجر انقلاب اسلامی، آیت‌الله خامنه‌ای همواره در کنار امام خمینی بود و در بسیاری از امور به ایشان مشورت می‌داد و همچنین مسئولیت کمیته‌ی تبلیغات دفتر امام را با هدف مقابله با توطئه‌های خبری و تبلیغاتی مخالفان داخلی و خارجی حکومت اسلامی، مقابله با فرصت‌طلبی‌های احزاب و گروههای گوناگون سیاسی، تنظیم و انتشار اخبار و انتشار نشریه‌ای به نام «امام» بر عهده داشت. خود نیز چند مقاله نوشت و در آن نشریه منتشر کرد[124] .

2.3. دهه‌ی اول انقلاب اسلامی: بهمن 1357 - خرداد 1368
1.2.3. فعالیت‌های سیاسی