حضور در دفاع مقدس
آیت‌الله خامنه‌ای از نخستین ساعات آغاز جنگ ایران و عراق، در تدبیر مسائل جنگ بصورت فعالانه به ایفای نقش پرداخت.
ساعاتی پس از شروع حمله به خاک کشورمان اولین اطلاعیه در مورد تجاوز ارتش بعث عراق به ایران را تهیه و از رادیو به اطلاع مردم رساند[164] . در دومین روز شروع جنگ در جلسه‌ای که در ستاد مشترک ارتش برای بررسی چگونگی برخورد با تجاوز نظامی عراق تشکیل شد، حضور یافت. و آنگاه که قرار شد یک نفر از آنها برای بررسی مسئله به جبهه‌های جنگ برود، نخستین کسی که این پیشنهاد را پذیرفت آیت‌الله خامنه‌ای بود[165] . در 5 مهر 1359 پس از اجازه امام خمینی در کسوت یک نظامی، در جبهه‌های جنگ حضور یافت[166] تا گزارشی از وضعیت جبهه‌ها و امکانات نیروهای ایرانی منطقه‌ی مورد تجاوز نیروهای عراقی تهیه نموده و به سازمان‌دهی نیروها برای مقابله با دشمن کمک کند[167] . بر این اساس عازم جبهه جنوب شد و تا اواسط بهار سال 1360 در آن جبهه استقرار داشت. پس از آن در جبهه غرب حاضر شد. ولی حضور جز برای اقامه نماز جمعه تهران، دیدار و گزارش به امام یا جلسات ضروری و سفرها و سخنرانی‌های لازم، مستمر بود[168] .
وی در چندین عملیات نظامی و یا طراحی آن شرکت کرد. پشتیبانی و تأمین نیازهای تسلیحاتی و تدارکاتی نیروهای بسیجی و سپاهی از دیگر فعالیتهای ایشان در صحنه‌ی نبرد بود. بیشتر وقت وی در جبهه‌ها صرف هدایت، پشتیبانی و طراحی عملیات ستاد جنگهای نامنظم ــ که توسط مصطفی چمران تشکیل شده بود ــ می‌شد[169] . از اقدامات ویژه‌ی این ستاد که آیت‌الله خامنه‌ای مستقیماً در آن نقش داشت، تشکیل گروههای نظامی مخصوص شکار تانک بود. در پشتیبانی از جبهه‌های خرمشهر، آبادان و سوسنگرد نقش مؤثری داشت و در تقویت نیروهای نظامی مردمی مثل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و بسیج و تهیه‌ی نیازمندیهای فنی و تجهیزاتی آنها نقش بسیاری ایفا نمود[170] . از دیگر تلاش‌های ایشان ایجاد هماهنگی بین سپاه و ارتش در جبهه‌ها و عملیات نظامی بود[171] .
نمایندگی امام در شورای عالی دفاع
به فرمان امام خمینی در 20 مهر 1359 شورای عالی دفاع عهده‌دار کلیه‌ی امور جنگ شد[172] و آیت‌الله خامنه‌ای که براساس حکم امام در 20 اردیبهشت 1359 نماینده‌ی ایشان در این شورا[173] و نیز سخنگوی آن بود[174] . در این مدت مشاور امام خمینی در امور و مسائل جنگ نیز بود[175] . وی معمولاً در پایان جلسه‌های شورای عالی دفاع درباره‌ی مباحث و تصمیمات شورا مصاحبه‌ی مطبوعاتی انجام می‌داد و تصمیمات شورا را به اطلاع مردم می‌رسانید[176] .
عملیات شکست حصر آبادان
در عملیات شکستن حصر آبادان[177] حضور مستقیم داشت و در مورد خرمشهر نیز اعتقاد داشت که با اتخاذ تدابیر نظامی درست می‌توان از سقوط آن جلوگیری کرد. حتی در این زمینه نامهای به ابوالحسن بنی‌صدر، رئیس جمهور و فرمانده کل قوای وقت نوشت و هشدار داد که در صورت استقرار دو تیپ زرهی در اطراف سوسنگرد، می‌توان از سقوط شهر جلوگیری به عمل آورد. اما، بنی‌صدر به آن هشدار توجهی نکرد[178] .
اندکی پس از آغاز جنگ گروهی از شخصیتها و سازمانهای بین‌المللی و نیز برخی از کشورها برای ایجاد صلح بین دو کشور، به فعالیت‌هایی دست زدند. آیت‌الله خامنه‌ای در این مورد اعتقاد داشت تا زمانی که عراق شروط اصلی ایران شامل عقب‌نشینی به مرزهای بین‌المللی، پرداخت خسارت و تنبیه متجاوز را نپذیرد، صلحی پدید نخواهد آمد و اگر عراق این شروط را نپذیرد آن را به زور از سرزمینهای خود بیرون می‌کنیم. همچنین معتقد بود که صلح تحمیلی بدتر از جنگ است[179] . با وجود این تردد هیئتهای صلح را از این نظر که باعث روشن شدن ابعاد جنایات صدام حسین و نیروهای او علیه مردم ایران شد و به اثبات مظلومیت ایران و تجاوزگری صدام کمک می‌کرد، مفید می‌دانست[180] .
جنگ، مهمترین موضوع دوران ریاست جمهوری
در دو دوره‌ی ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، جنگ در رأس امور و مهمترین موضوع کشور بود. از 1360 تا 1364 تحولاتی در صحنه‌ی جنگ پیش آمد و در مجموع موازنه در جبهه‌های جنگ به سود ایران تغییر یافت. نیروهای عراقی از بیشتر سرزمینهای اشغال‌شده بیرون رانده شدند و با وحدت‌نظر مسئولان ارشد کشور ازجمله آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس شورای عالی دفاع سلسله عملیات‌های نظامی، طراحی و اجرا شد. هم‌زمان با آن تحولات، حضور دیپلماتیک ایران در عرصه‌ی بین‌المللی نیز بیشتر و فعال‌تر شد.
ایشان طی هفت سال از مجموع هشت سال دوران ریاست جمهوری خود که مقارن با جنگ بود، بخش زیادی از مذاکرات خارجی خود را به مذاکره با هیئتهای حسن‌نیت صلح که از سوی سازمانهای بین‌المللی، اسلامی و منطقه‌ای و یا با شخصیتهای مهم بین‌المللی و منطقه‌ای که مأموریت میانجی‌گری داشتند، اختصاص دادند. در دوره ریاست جمهوری به دلیل مخالفت امام با حضور در جبهه‌های جنگ، به برخی حضورها و بازدیدهای محدود اکتفا کردند اما در مقطع پایانی جنگ و پس از قبول قطعنامه وضعیت وخیم جبهه‌ها ایشان را ناگزیر کرد پس از کسب موافقت امام خمینی برای ایجاد تحولی عظیم به جبهه‌ها رهسپار شود.
همچنین که آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری رئیس شورای عالی پشتیبانی جنگ بود. این شورا به دلیل شرایط خاص جنگ در سال 1365 و به منظور به‌کارگیری هرچه بهتر امکانات کشور در خدمت جنگ و انجام اقدامات مؤثر در بسیج نیروها و امکانات برای رفع نیازمندیهای جبهه‌های جنگ تشکیل شد[181] . امام خمینی در پاسخ به استعلام ایشان در 19 بهمن 1366 مصوبات آن شورا را تا پایان جنگ لازم‌الاجرا اعلام کرد[182] .
در تابستان 1367 و در آخرین سال ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای، و با پذیرش قطعنامه 598 توسط ایران جنگ عراق با ایران به پایان رسید. پذیرش قطعنامه 598 در جلسه‌ای به ریاست آیت‌الله خامنه‌ای و با حضور مسؤولان عالی‌رتبه نظام در 26 تیر 1367 به تصویب رسید و امام خمینی نیز بر آن صحه گذاشت[183] .
امام خمینی در پیامی به مردم ایران قبول قطعنامه را مسئله‌ای بسیار تلخ و ناگوار و صرفاً به دلیل مصلحت انقلاب و نظام جمهوری اسلامی ایران اعلام کرد: «قبول این مسئله برای من از زهر کشنده‌تر است؛ ولی راضی به رضای خدایم و برای رضایت او این جرعه را نوشیدم... در قبول این قطعنامه فقط مسئولین کشور ایران به اتکای خود تصمیم گرفته‌اند. و کسی و کشوری در این امر مداخله نداشته است» [184] . به دنبال این تصمیم آیت‌الله خامنه‌ای به عنوان رئیس‌جمهور در نامهای در تاریخ 27 تیر 1367 به دبیرکل وقت سازمان ملل متحد، خاویر پرز دکوئیار، پذیرش قطعنامه‌ی 598 سازمان ملل از سوی ایران را اعلام کرد[185] .
2.2.3. فعالیتهای ارشادی و تبیینی
بخش مهمی از فعالیتهای سیاسی و مذهبی آیت‌الله خامنه‌ای از پیروزی انقلاب اسلامی تا انتخاب به ریاست جمهوری، فعالیتهای ارشادی به منظور نهادینه کردن و تثبیت نظام جمهوری اسلامی بود.
توصیه امام به دانشجویان برای رجوع به آیت‌الله خامنه‌ای
به دنبال شهادت آیت‌الله مرتضی مطهری و خلائی که از فقدان وی در میان دانشجویان و دانشگاهیان پدید آمده بود، امام خمینی در 23 خرداد 1358 طی سخنانی در جمع دانشجویان، آیت‌الله خامنه‌ای را فردی فهیم و سخنور نامیده و مرجع رسیدگی به مسائل فکری و عقیدتی دانشجویان و مقابله با تبلیغات احزاب و گروههای مخالف نظام جمهوری اسلامی، به‌ویژه مارکسیستها در محیط دانشگاهی تعیین کرد[186] .
وی از این تاریخ تا شروع جنگ ایران و عراق در 31 شهریور 1359 روزهای دوشنبه در مسجد دانشگاه تهران در جمع دانشجویان حضور می‌یافت و ضمن اقامه جماعت نماز ظهر و عصر و ایراد سخنرانی در موضوعات مهم روز، به پرسشهای فکری و سیاسی آنها پاسخ می‌داد. این جلسات بعدها در مساجد مهم تهران ادامه پیدا کرد. حادثه سوء‌قصد به ایشان در مسجد اباذر در خلال یکی از از همین جلسات رخ داد[187] .
جلوگیری از انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی
اقدام دیگر او مقابله با تلاشهایی بود که از سوی برخی از اعضای دولت موقت برای انحلال مجلس خبرگان قانون اساسی در حال شکل‌گیری بود. بدین نحو که نامهای به امضای پانزده نفر از وزیران و اعضای دولت موقت تهیه شده بود و در نظر داشتند قبل از اطلاع امام خمینی و اظهار نظر ایشان، انحلال مجلس مزبور را به مردم اطلاع دهند و اگر امام خمینی مخالفتی کرد به صورت دسته‌جمعی استعفا کنند[188] .
آیت‌الله خامنه‌ای که از سوی شورای انقلاب در جلسه‌ی هیأت وزیران شرکت می‌کرد، بعد از طرح نامه‌ی مذکور در جلسه به شدت با آن مخالفت نمود و بر ضرورت اطلاع امام خمینی پیش از انتشار آن تأکید ورزید. امام خمینی نیز، پس از آگاهی از موضوع، با درخواست آنان مخالفت نمود و بر ادامه‌ی کار قانونی مجلس خبرگان قانون اساسی تأکید کرد[189] .
سفر تبلیغی به هند
در دومین سالگرد پیروزی انقلاب اسلامی که مقارن با آغاز قرن پانزدهم هجری قمری نیز بود بنا به تصمیم شورای عالی تبلیغات اسلامی، هیئتهای گوناگونی از طرف نظام جمهوری اسلامی به کشورهای مختلف جهان عزیمت کردند تا مواضع و دیدگاههای جمهوری اسلامی ایران و ویژگی‌های انقلاب اسلامی را برای ملتها، به ویژه ملتهای مسلمان تشریح و تبیین کنند. آیت‌الله خامنه‌ای سرپرستی هیئت اعزامی به هندوستان را بر عهده گرفت.
ایشان به مدت دو هفته در اواخر بهمن و اوایل اسفند 1359 به شهرهایی چون دهلی‌نو، حیدرآباد، بنگلور[190] و منطقه‌ی کشمیر[191] سفر کرد و در سخنرانیها، دیدارها و گفت‌وگوها و مصاحبه‌های مطبوعاتی به‌ویژه با اصحاب مطبوعات محلی، دانشجویان و استادان دانشگاهها، تشکلها و شخصیتهای اسلامی و شیعیان هند چهره‌ی واقعی انقلاب اسلامی ایران و نظام جمهوری اسلامی و مسائل مهم آن، به ویژه جنگ با عراق را تشریح و بیان کرد[192] . همچنین، با خانم گاندی نخست‌وزیر هند ـ که از شخصیتهای معتبر و موجه بین‌المللی بود ـ دیدار و گفتگو کرد[193] .
توسط : 