مقابله با لیبرال‌ها و بنی‌صدر
یکی از مسائل مهم جامعه‌ی ایران در سالهای اولیه پس از پیروزی انقلاب اسلامی وجود و فعالیت دو جناح تأثیرگذار موسوم به نیروهای خط امام و لیبرالها در ساختار سیاسی رسمی کشور بود. بیشتر یاران، نزدیکان و مشاوران امام خمینی از جمله آیت‌الله خامنه‌ای در جناح نیروهای خط امام قرار داشتند. چهره‌ی شاخص جناح لیبرال که از لحاظ فکری و بینش سیاسی تعارض‌های زیادی با نیروهای خط امام داشت، ابوالحسن بنی‌صدر بود.

آیت‌الله خامنه‌ای، بنی‌صدر را نماینده‌ی جریانی می‌دانست که عامل تفرقه و درگیری در سطح مسئولان ارشد کشور و در نتیجه سبب تفرقه و تشتت در جامعه بود[194] . اما با وجود اختلاف ‌نظر اساسی با بنی‌صدر و جریان همفکر و حامی او، به منظور حفظ وحدت در جامعه و تأکید امام خمینی بر آن، مخالفت خود را در محافل عمومی ابراز نمی‌کرد. در برخی موارد نیز داوری نزد امام خمینی می‌برد. پس از انحراف واضح بنی‌صدر از ماهیت انقلاب اسلامی و قانون اساسی و پس از طرح عدم کفایت سیاسی وی برای ریاست جمهوری در مجلس شورای اسلامی در 30 خرداد 1360، آیت‌الله خامنه‌ای در موافقت با طرح نطق مشروح و مؤثری را ایراد کرد[195] .

آیت‌الله خامنه‌ای از 1358 تا اول تیر 1360 در موارد گوناگون علیه جناح لیبرال‌ و ملی‌گرا موضع مخالف گرفت. وی با حفظ دفتر مستشاری نظامی امریکا در ایران و تغییر نام آن از سوی دولت موقت مخالفت کرد[196] . در مورد انتخاب وزیران، معاونان وزراء و مسئله‌ی پاکسازی در ادارات و سازمانهای دولتی نیز با انتخاب افرادی که در خط انقلاب نبودند و طرف‌دار خط سازش با امریکا و یا رابطه داشتن با کشورهای مرتجع عرب و مواردی از این دست بودند، مخالفت می‌کرد[197] .

3.2.3. ترور نافرجام توسط منافقین
آیت‌الله خامنه‌ای در 6 تیر 1360 و در حال سخنرانی پس از نماز ظهر در مسجد ابوذر، واقع در یکی از مناطق جنوب تهران، در اثر انفجار بمبی که در ضبط صوت کار گذاشته شده بود به شدت زخمی شد[198] . امام خمینی، در پیامی خطاب به ایشان توطئه‌ی سوء‌قصد به جان وی را محکوم کرد و از ایشان تجلیل نمود[199] . بر اثر این سوء قصد، ایشان از ناحیه‌ی سینه، کتف و دست راست آسیب جدی دید. گزارشهای غیررسمی مسبب این حادثه را سازمان مجاهدین خلق ایران دانسته‌اند[200] . آیت‌الله خامنه‌ای اولین فردی بود که در حوادث و جریانات پس از عزل بنی‌صدر از فرماندهی کل قوا و ریاست جمهوری ترور شد. در 18 مرداد 1360 از بیمارستان مرخص شد و مجدداً ‌به صحنه‌ی اجتماع و سیاست بازگشت و از 26 مرداد 1360 در جلسات مجلس شورای اسلامی حاضر شد[201] .

3.3. دوران ریاست جمهوری
 دور اول - انتخاب به عنوان ریاست جمهوری با 95 درصد آرا


پس از شهادت محمدعلی رجایی ـ دومین رئیس جمهور اسلامی ایران ـ شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و نیز جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به اتفاق آرا و علیرغم مخالفت ایشان، وی را به عنوان نامزد ریاست ‌جمهوری انتخاب کردند و امام خمینی که سابقاً با تصدی روحانیون برای ریاست جمهوری موافق نبودند با نامزدی ایشان موافقت کردند[202] .

پس از نامزدی و اعلام صلاحیت توسط شورای نگهبان، گروه‌ها و شخصیت‌های مختلف از ریاست جمهوری ایشان حمایت کردند. از مهم‌ترین حامیان آیت‌الله خامنه‌ای ائتلاف گروههای خط امام بود[203] . انتخابات در 10 مهر 1360 برگزار شد و آیت‌الله خامنه‌ای با کسب اکثریت مطلق آراء (95 ممیز 11 درصد) به عنوان رئیس‌جمهور انتخاب شد[204] . در 17 مهر 1360 امام خمینی حکم ریاست ‌جمهوری ایشان را تنفیذ کرد[205] و در 21 مهر به عنوان سومین رئیس‌جمهور اسلامی ایران در مجلس شورای اسلامی سوگند یاد کرد[206] .

در 27 مهر 1360 علی‌اکبر ولایتی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی و از نیروهای خط امام بود، به عنوان نخست‌وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد[207] ، ولی وی در رأی‌گیری روز 30 مهر 1360 نتوانست آرای اکثریت نمایندگان را کسب نماید[208] . در 4 آبان 1360 میرحسین موسوی را که عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی، سردبیر روزنامه‌ی جمهوری اسلامی و وزیر امور خارجه‌ی دولتهای رجایی، باهنر و مهدوی کنی[209] بود به عنوان نخست‌وزیر به مجلس معرفی کرد[210] . او توانست در 6 آبان 1360 آراء موافق اکثریت نمایندگان مجلس را کسب کند[211] .

آیت‌الله خامنه‌ای ریاست ‌جمهوری خود را در حالی آغاز کرد که نهاد ریاست‌ جمهوری از ساختار مناسبی برخوردار نبود. گروههای مشاور و کارگروهها برای کمک به رئیس‌جمهور در انجام وظایف قانونی نیز هنوز تشکیل نشده بود و این امر مشکلات فراوانی را برای عملکرد رئیس‌جمهور پدید می‌آورد. به تدریج، دفتر ریاست‌ جمهوری با چندین مشاور و کارگروه شکل گرفت[212] . آیت‌الله خامنه‌ای در ابتدا بخشی از تلاشهای خود را معطوف ساختارسازی برای دفتر رئیس‌ جمهور و نهاد ریاست ‌جمهوری کرد. بعدها در پی ابهام در شرح وظایف رئیس جمهور که کاستی آن به‌ویژه در تعامل با نخست‌وزیر در طول دوره اول آشکار شده بود، قانون اختیارات رئیس جمهور تهیه و تدوین شد و در تاریخ 16 اردیبهشت 1365 به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید[213] .

سرفصل برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای در دوره‌ی چهارساله‌ی اول ریاست جمهوری عبارت از: اهتمام به امور مربوط به جنگ تحمیلی، نیل به سیاست‌های اقتصادی به سوی حمایت از مستضعفان و دورافتادگان از مرکز، طاغوت‌زدایی از همه‌ی شئون زندگی اداری، اجتماعی و سیاسی مردم ایران، کشف و به کارگیری استعدادهای انسانی در همه‌ی عرصه‌ها از تکنیک تا هنر، تأمین امنیت اجتماعی، اداری و قضایی برای ارائه‌ی خدمت مؤثر به مردم، تأمین امنیت و آزادی همه‌ی افراد وفادار به نظام جمهوری اسلامی با هر اندیشه و تفکر[214] . در دوره‌ی چهارساله‌ی دوم نیز ضمن ادامه‌ی برنامه‌های دوره‌ی اول که در رأس آنها جنگ تحمیلی قرار داشت، تدوین لایحه‌ی اختیارات ریاست جمهوری، کاهش تصدی‌گری دولت و واگذاری امور به مردم، به کار گماردن مسئولین لایق، انقلابی و کارآمد در دولت، رفع فقر مزمن و طولانی‌مدت حاکم بر جامعه و زندگی مردم، واگذاری زمینهای کشاورزی به مردم، واگذاری صنایع دولتی به بخش تعاونی، سهیم‌شدن کارگران در کارخانه‌ها، گسترش و توسعه‌ی صادرات غیرنفتی و کاهش اتکای کشور به درآمد نفت، مشارکت مردم در امور اقتصادی و فرهنگی کشور با نظارت دولت، سوق دادن سیاست فرهنگی کشور به سوی استقلال فرهنگی از اهم برنامه‌های آیت‌الله خامنه‌ای بود[215] .
در عرصه‌ی سیاست و روابط خارجی برنامه‌ی ایشان شامل اتخاذ سیاست مستقل و متوازن در قبال هر یک از کشورهای جهان و تصمیم‌گیری برمبنای مصالح نظام و کشور همراه با قاطعیت و صراحت، عدم وابستگی به شرق و غرب[216] ، اهمیت دادن به وحدت میان مسلمانان جهان، اهتمام جدی در بازپس گرفتن حقوق مسلمانان جهان از قدرتهای جهانی و مبارزه‌ی مستمر با هرگونه اقدام و حرکتی در جهت سلطه‌ی ابرقدرتها در منطقه، اهتمام جدی به مسئله‌ی قدس و دیگر سرزمینهای غصب‌شده‌ی فلسطین و آمادگی برای مبارزه‌ی همه‌جانبه با دشمن صهیونیست، بازگشت به فرهنگ غنی و اصیل اسلامی در عرصه‌ی بین‌المللی به عنوان سد راه دشمنان و غارتگران، افزایش فعالیت و حضور مؤثر در صحنه‌های بین‌المللی بود[217] .

 دوره‌ی دوم ریاست‌ جمهوری
باتوجه به تجربه مشکلات و اختلاف‌نظرها با نخست‌وزیر و برخی اعضای هیئت دولت در چهار ساله اول ریاست جمهوری مایل نبود برای دومین بار در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند اما پس از آنکه امام خمینی آن را تکلیف شرعی ایشان دانستند، تصمیم گرفت که در انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری نامزد شود و از امام خواست که در انتخاب نخست‌وزیر مختار باشد و امام هم پذیرفت[218] .
پس از انتخاب مجدد به عنوان رئیس‌جمهور، و در آستانه‌ی انتخاب نخست‌وزیر آنگاه که معلوم شد آیت‌الله خامنه‌ای به سبب عدم رضایت از وضعیت اداره کشور توسط نخست‌وزیر درصدد معرفی فرد دیگری برای نخست‌وزیری است برخی نظامی‌ها نزد امام ابراز کردند که پیشرفت در جبهه‌های جنگ منوط به نخست‌وزیری دوباره مهندس موسوی است. امام خمینی به جهت مصلحت جنگ این نظر را پذیرفتند و به آیت‌الله خامنه‌ای حکم کردند که مهندس موسوی را به عنوان نخست‌وزیر معرفی کند. آیت‌الله خامنه‌ای در اطاعت از حکم امام و علیرغم نظر مخالف خود، وی را به مجلس معرفی کرد[219] . در دوره‌ی دوم ریاست‌ جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای اختلافات رئیس جمهور و نخست‌وزیر ادامه یافت و در مواردی مانند معرفی اعضای کابینه، تشدید هم شد.

1.3.3. فعالیت‌های سیاسی و فرهنگی در دوران ریاست جمهوری
 ترمیم تشکیلات انقلاب فرهنگی
در 8 شهریور 1362 آیت‌الله خامنه‌ای، اولین ترمیم عمده در ستاد انقلاب فرهنگی را براساس حکم امام خمینی عهده‌دار شد. امام این حکم را در پاسخ به استعلام ایشان به مناسبت بازگشایی دانشگاهها صادر کرد[220] . همچنین، دومین ترمیم در ستاد انقلاب فرهنگی را بر اساس پیام امام خمینی در 19 آذر 1363، صورت داد[221] . در این ترمیم، ستاد انقلاب فرهنگی به شورای عالی انقلاب فرهنگی تغییر نام داد و رئیس‌جمهور رئیس این شورا شد[222] . آیت‌الله خامنه‌ای این سمت را تا پایان دومین دوره‌ی ریاست جمهوری خود در تیر 1368 عهده‌دار بود و در این سالها در تدوین سیاستهای مهم فرهنگی کشور نقش مؤثری ایفا نمود[223] .

 فعال کردن دستگاه سیاست خارجی
در دوران هشت ساله‌ی ریاست جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای دستگاه سیاست خارجی و دیپلماسی ایران فعالتر شد. یکی از شاخصهای توسعه‌ی سیاست و روابط خارجی، سفرهای رئیس‌جمهور به کشورهای مختلف برای توسعه روابط بود که در دوره‌ی اول ریاست جمهوری شروع شد و در دوره‌ی دوم توسعه یافت[224] . ایشان در دوره‌ی اول ریاست‌ جمهوری از 15 تا 20 شهریور 1363 به کشورهای سوریه، لیبی و الجزایر و در دوره‌ی دوم از 23 دی تا 3 بهمن 1364 به کشورهای آسیایی و آفریقایی پاکستان، تانزانیا، زیمبابوه، آنگولا و موزامبیک سفر نمود. از 11 تا 15 شهریور 1365 برای شرکت در هشتمین اجلاس سران کشورهای غیرمتعهد در هراره مجدداً به زیمبابوه سفر کرد. در این سفر در اجلاس سران سخنرانی کرد و با برخی از سران کشورهای غیرمتعهد دیدار و گفت‌وگو نمود[225] . از 2 تا 6 اسفند 1367 به کشورهای یوگسلاوی و رومانی[226] و از 19 تا 26 اردیبهشت 1368 به کشورهای چین و کره ‌شمالی سفر کرد[227] .
آیت‌الله خامنه‌ای در 31 شهریور 1366 در چهل و دومین اجلاس مجمع عمومی سازمان ملل متحد شرکت کرد و در سخنرانی خود دیدگاهها و مواضع اصولی جمهوری اسلامی ایران را برای سران دولتهای جهان تشریح نمود. این اولین حضور رئیس جمهور اسلامی ایران در مجمع عمومی سازمان ملل متحد بود[228] . نکته‌ی حائز اهمیت در سفر به سازمان ملل، استقبال عظیم ایرانیان و مسلمانان مقیم نیویورک و اصحاب مطبوعات بین‌المللی از ایشان و فعالیتهای ایشان برای تبیین شرایط انقلاب اسلامی، جنگ تحمیلی و سیاستهای استکبار جهانی در قبال ایران بود. امامت نماز جمعه‌ی مسلمانان نیویورک و سخنرانی در خطبه‌های آن نیز از نکات جالب و با اهمیت این سفر بود.
از اقدامات دیگر آیت‌الله خامنه‌ای در زمینه‌ی سیاست خارجی می‌توان به برقراری ارتباط منسجم با گروههای سیاسی شیعی در افغانستان، عراق و لبنان و ایجاد تفاهم بین آنها و تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق اشاره کرد. به طوری که اختلاف بین آنها را به وحدت و اتحاد بر ضد دشمن مشترک‌شان تبدیل کرد. تشکیل حزب وحدت اسلامی از احزاب هشت‌گانه افغانستان که به رقابت زیان‌بار آنها پایان داد و نیز تشکیل مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق از مصداق‌های مهم این رویکرد است. در این دوره، به دامنه‌ی حمایت ایران از مبارزان اسلامی در لبنان، فلسطین، عراق و افغانستان افزوده شد و پشتیبانی ایران به احزاب و گروههای اسلامی در آن کشورها جایگاه منطقه‌ای و بین‌المللی قابل ملاحظه‌ای بخشید.

 بازدیدها، دیدار و سفرهای استانی
دیدار با اقشار مختلف مردم، بازدید از مؤسسات و سازمانهای گوناگون، شرکت در مراسم افتتاح طرحها، شرکت در همایشها و سفرهای استانی از دیگر برنامه‌ها و اقدامات آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری بود. حفظ ارتباط با مردم به ویژه خانواده‌های شهدا از راهبردهای اساسی آیت‌الله خامنه‌ای در دوره ریاست جمهوری بود. بر این پایه ملاقات‌های مردمی ـ در مناسبت‌های مختلف ـ در دیدارهای با خانواده‌های شهدا، خصوصاً سرزدن به منازل آنان به عنوان یکی از برنامه‌های ثابت ایشان و ابتکار قابل توجه در نوع رابطه زمامداران و مردم محسوب می‌شود. همچنین، سفرهای آیت‌الله خامنه‌ای به استانها و مناطق مختلف کشور، با هدف ملاقات با اقشار مختلف مردم، به‌ویژه قشر محروم و آشنایی با مسائل و مشکلات آنها از نزدیک، رفع اختلافات مقامات محلی، پیگیری مسائل مربوط به جنگ و همکاری سپاه و ارتش، دیدار با علما و بزرگان شهرها و روستاها، بررسی مسائل و مشکلات اقتصادی و مانند آن از جمله ابتکارات، فعالیتهای مستمر و مؤثر ایشان بود.

 نامه امام خمینی به آیت‌الله خامنه‌ای
در 16 دی 1366، امام خمینی در نامه‌ای به آیت‌الله خامنه‌ای و ناظر به بیانات ایشان در خطبه‌های نماز جمعه‌ی تهران در موضوع حدود اختیارات حکومت اسلامی و ولایت فقیه، حکومت اسلامی را از احکام اولیه‌ی اسلام و مقدم بر تمام احکام فرعیه دانسته و ولایت فقیه را مطلقه عنوان نمود. آیت‌الله خامنه‌ای در پاسخ به نامه‌ی امام، متابعت نظری و عملی خود را از دیدگاه امام اعلام نمود. همچنین در جلسه‌ای حضوری، مقصود خود از بیانات در خطبه‌های نماز جمعه را با امام خمینی مطرح کردند. امام خمینی نیز بلافاصله در همان روز به این نامه پاسخ داده و ضمن تقدیر از آیت‌الله خامنه‌ای، در بخشی از آن نوشتند: «اینجانب از سال‌های قبل از انقلاب با جناب‌عالی ارتباط نزدیک داشته‌ام و همان ارتباط بحمدالله تعالی تاکنون باقی است، جناب‌عالی را یکی از بازوهای توانای جمهوری اسلامی می‌دانم و شما را چون برادری که آشنا به مسائل فقهی و متعهد به آن هستید و از مبانی فقهی مربوط به ولایت مطلقه فقیه جداً جانبداری می‌کنید، می‌دانم و در بین دوستان و متعهدان به اسلام و مبانی اسلامی از جمله افراد نادری هستید که چون خورشید، روشنی می‌دهید» [229] .

 اولین رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام
در پی اختلافات مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان در تصویب لوایح مختلف، امام خمینی در پاسخ به نامه‌ی سران کشور (از جمله آیت‌الله خامنه‌ای)، در 17 بهمن 1366 با تشکیل مجمع تشخیص مصلحت موافقت کردند[230] . بر این اساس، آیت‌الله خامنه‌ای اولین رئیس مجمع تشخیص قرار گرفتند[231] . ایشان این سمت را تا پایان دوره ریاست جمهوری عهده‌دار بود[232] .